โฉมนี้ เป็นที่รู้จักในประเทศไทย ด้วยรูปแบบใหม่ที่ทันสมัยและใหญ่ขึ้นในหลายมิติ เริ่มผลิตตั้งแต่ พ.ศ. 2548 มาจนถึง พ.ศ. 2556 โดยเข้ามาผลิตและจำหน่ายในประเทศไทยเมื่อปี พ.ศ. 2549–ปัจจุบัน โดยใช้สโลแกนเปิดตัวว่า "Are you groovy?" การผลิตระบบเกียร์มี 2 แบบ คือ เกียร์ธรรมดา 5 สปีด และเกียร์อัตโนมัติ 4 สปีด เครื่องยนต์ Toyota 1NZ-FE VVT-i 4 สูบ 1.5 L.109 แรงม้า (80 กิโลวัตต์)ที่ 6,000 RPM แรงบิดที่ 141 นิวตัน-เมตร ที่ 4,200 RPMประหยัดน้ำมันประมาณ 12.3 กิโลเมตรต่อลิตรในเมือง และ 15.3 กิโลเมตรต่อลิตรในชนบท และมีความแพร่หลายออกไปในหลายประเทศมากขึ้น เช่น ในประเทศไทย สหราชอาณาจักร และอีกหลายประเทศ ที่ไม่มียาริสรุ่นแรกขาย ก็มียาริสรุ่นที่สองออกขาย

ยุคของยาริสโฉมที่สองในประเทศไทย

โตโยต้า ยาริส ในประเทศไทย ได้มีการแบ่งออกเป็นสามยุค ดังนี้

ยุคแรก

จะทำตลาดตั้งแต่ พ.ศ. 2548–2552 โดยมีกระจังหน้าใหญ่ และโคมไฟเลี้ยวหลังสีขาว มี 4 รุ่นย่อย ได้แก่

• รุ่น J (Manual / Automatic) เป็นรุ่นต่ำสุด เพิ่มเข้ามาใน พ.ศ. 2551 หลังการเปิดตัว 3 ปี อุปกรณ์มาตรฐานทั้งหมดเท่าตัว E แต่จะได้ล้อกระทะเหล็กแบบมีฝาครอบขนาด 15 นิ้ว ยาวขนาด 185/60R15 และจะตัดอุปกรณ์เสริมความปลอดภัยออกทั้งหมด ทั้ง ABS, EBD และถุงลมนิรภัย คงเหลือไว้เพียงความปลอดภัยภาคบังคับ เช่น โครงสร้าง GOA และเข็มขัดนิรภัย โดยรุ่น J Manual เป็นเกียร์ธรรมดาของรุ่นต่ำสุด และรุ่น J Automatic เป็นเกียร์อัตโนมัติของรุ่นต่ำสุด โดยไม่มีความแตกต่างในออปชั่นอื่น และจัดว่าเป็นรุ่นต่ำสุดเหมือนกัน

• รุ่น E (Manual/Automatic/Automatic Limited) เป็นรุ่นกลาง อุปกรณ์มาตรฐานที่เพิ่มจากตัว J คือระบบความปลอดภัยดังกล่าว และล้ออัลลอย 15 นิ้ว ยาวขนาด 185/60R15 (โดย E Manual ถือเป็นรุ่นสูงกว่า J Automatic) และเฉพาะรุ่น E Automatic Limited จะได้สเกิร์ตรอบคัน, สปอยเลอร์, พวงมาลัยและหัวเกียร์หุ้มหนัง (ซึ่งไม่มีในรุ่น G ทั้งตัวธรรมดาและ Limited)

• รุ่น G (Automatic/Automatic Limited)

เป็นรุ่นท็อป ประเภทเทคโนโลยี ได้เพิ่มจากรุ่น E คือ ไฟตัดหมอกหน้า-หลัง (รุ่น J และรุ่น E มีเพียงเฉพาะด้านหลัง), คิ้วยางกันกระแทกรอบคัน, เบาะหนัง, ลำโพง 6 ตำแหน่ง (รุ่น J และรุ่น E มี 4 ตำแหน่ง), ที่ปัดน้ำฝนจังหวะปัดหยุดตั้งค่าได้, ถาดใต้เบาะผู้โดยสารหน้า, แผงปิดสัมภาระท้ายรถ, เบาะหลังแยกพับ (รุ่น J และรุ่น E พับรวมก้อนเดียว), กระจกข้างปรับ-พับไฟฟ้า (รุ่น J และรุ่นE เป็นปรับไฟฟ้า-พับมือ), กุญแจรีโมท และสัญญาณกันขโมย และเฉพาะรุ่น G Automatic Limited จะได้ระบบ Keyless Entry, Push Start และกุญแจ Immobilizer (ซึ่งไม่มีในรุ่น S ทั้งธรรมดาและ Limited)

• รุ่น S (Automatic/Automatic Limited)

เป็นรุ่นท็อป ประเภทสปอร์ต โดยจะเพิ่ม สเกิร์ต สปอยเลอร์ พวงมาลัยและหัวเกียร์หุ้มหนัง แต่จะตัดเบาะหนังออกไปเป็นเบาะผ้า ตัดระบบ Smart Entry, Push Start, กุญแจ Immobilizer และเฉพาะรุ่น S Automatic Limited จะได้ไฟซีนอน และล้ออัลลอย 16 นิ้ว ยางขนาด 195/50R16

• รุ่นพิเศษ TRD SPORTIVO ซึ่งจะได้ ล้ออัลลอย 16 นิ้ว ลายพิเศษ TRD SPORTIVO/สติ๊กเกอร์ข้างรถลาย TRD SPORTIVO/ชุดแต่งสเกิร์ต TRD SPORTIVO รอบคัน

ยุคที่ 2

พ.ศ. 2552–2555 เปลี่ยนสโลแกนเป็น "Yaris Me" กระจังหน้าเล็ก โคมไฟเลี้ยวหลังสีส้ม และมีการเปลี่ยนแปลงรุ่นย่อยและอุปกรณ์มาตรฐาน ดังนี้

• ได้ตัดรุ่นย่อย G Automatic Limited ออกไป

• เพิ่มกระจกมองข้างพร้อมไฟเลี้ยวในตัว ในรุ่น S Ltd., G Ltd., G A/T, E Ltd., E A/T, E M/T, TRD Sportivo II

• รุ่น S Automatic Limited และ S Automatic ได้ตัดล้อขนาด 16 นิ้วออกไป (แล้วแทนด้วยล้อแม็กขนาด 15 นิ้ว ลายเดียวกันทั้งสายการผลิต) และไฟซีนอนออก แต่ได้ใส่ออปชั่นที่เคยอยู่ในรุ่น G Automatic Limited เข้าไปเพื่อทำรุ่น S Automatic Limited ให้เป็นรุ่นท็อปเพียงหนึ่งเดียว

แต่กระนั้นรุ่น S Automatic Limited และ S Automatic ก็ยังใช้เบาะผ้า และรุ่น G Automatic Limited และ G Automatic ยังเป็นเบาะหนัง และในทุกรุ่นย่อยที่มีเบาะผ้า จะได้เลือกลายของเบาะผ้า ซึ่งมีให้เลือกถึง 10 แบบ

และช่วงต่อมาได้มีการเพิ่มรุ่นพิเศษ 2 รุ่น

• TRD II (ซึ่งพัฒนามาจากรุ่น E)

แต่สิ่งที่แตกต่างจากรุ่น E คือ ล้ออัลลอย 15 นิ้ว ลายพิเศษ TRD SPORTIVO พร้อมสติ๊กเกอร์ด้านข้าง ชุดแต่งรอบคัน และสัญลักษณ์ TRD SPORTIVO แทนสัญลักษณ์รูปตัว E

• ACE ซึ่งพัฒนามาจากรุ่น J

แต่สิ่งที่แตกต่างจากรุ่น J คือ ล้ออัลลอย 15 นิ้ว ลายพิเศษ พร้อมสติ๊กเกอร์ด้านข้างสีสดใสมีให้เลือก 2 สี ได้แก่ สีแดง และสีดำ ชุดแต่งสีรอบคัน และสัญลักษณ์ ACE แทนสัญลักษณ์รูปตัว J

ยุคที่ 3

พ.ศ. 2555–2556 เปลี่ยนสโลแกนเป็น "Best Buddy" กระจังหน้าเล็ก ไฟหลังดวงกลมแบบญี่ปุ่น ได้เปลี่ยนเบาะในรุ่น G เป็นเบาะผ้า (ทำให้ยาริสยุคที่ 3 เป็นเบาะผ้าทั้งหมด) และตัดรุ่น S Automatic ธรรมดาออก ส่วนรุ่น S Automatic Limitedเปลี่ยนชื่อเป็นรุ่น RS เพิ่มไฟหน้าและไฟท้ายรมดำ หน้าจอสัมผัสแบบอินโฟเทนเมนท์ขนาด 7 นิ้ว และเพิ่มล้อ 16 นิ้ว ลายเดิม แต่เพิ่มการรมดำ เพื่อเพิ่มความสปอร์ต

อย่างไรก็ตาม ยาริสรุ่นที่สองเป็นรุ่นแรกและรุ่นเดียวที่ขายในประเทศไทย หลังจากหมดอายุตลาดของยาริสรุ่นนี้ ก็ถูกแทนที่ด้วยรถรุ่นอื่น ซึ่งเพียงนำชื่อยาริสมาใช้ทำตลาดเท่านั้น ไม่ใช่ยาริสที่แท้จริงแต่อย่างใด